Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)

Giải trình tự gen thế hệ mới là gì

Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) là nhóm kỹ thuật xét nghiệm đọc thứ tự các "chữ cái" (nucleotide) của hàng triệu đoạn ADN hoặc ARN cùng một lúc, rồi dùng máy tính ghép lại để tìm những chỗ thay đổi trong gen. [1]

Nếu xét nghiệm một gen giống như tra một từ trong cuốn từ điển, thì giải trình tự gen thế hệ mới giống như rà cả chục trang cùng lúc. Nhờ vậy, từ một mẫu bệnh phẩm có thể tìm nhiều loại đột biến ở nhiều gen chỉ trong một lần làm.

Có nhiều mức độ: [1] [2]

• Bảng gen (panel): chỉ đọc một nhóm gen chọn sẵn có liên quan đến ung thư; có bảng dành riêng cho một loại ung thư, có bảng dùng cho nhiều loại. [4]
• Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (exome): đọc tất cả các gen.
• Giải trình tự toàn bộ hệ gen: đọc toàn bộ ADN, cả trong và ngoài gen.

Vì sao điều này quan trọng với người bệnh

Nhiều loại ung thư, nhất là ung thư phổi không tế bào nhỏ, có hàng loạt gen cần kiểm tra để chọn thuốc, như EGFR, ALK, ROS1, KRAS, BRAF, MET, RET. [4] Làm từng gen riêng lẻ có thể tốn thêm mẫu mô và thời gian, trong khi giải trình tự gen thế hệ mới cho phép kiểm tra nhiều gen trong cùng một lần.

Kết quả có thể cho thấy: [2]

• Có đột biến phù hợp với một thuốc nhắm trúng đích đã được phê duyệt, dùng ngoài chỉ định, hoặc có trong thử nghiệm lâm sàng.
• Có thay đổi khiến một thuốc nào đó ít hiệu quả, giúp tránh điều trị không có lợi.
• Số lượng đột biến trong khối u (gánh nặng đột biến khối u), có thể gợi ý khả năng đáp ứng với thuốc ức chế điểm kiểm soát miễn dịch.

Xét nghiệm được làm thế nào

Mẫu xét nghiệm. Thường dùng mẫu mô khối u đã lấy khi sinh thiết hoặc mổ. Nếu không sinh thiết được an toàn, có thể dùng mẫu máu để tìm ADN khối u (sinh thiết lỏng). [2] Một số xét nghiệm cần thêm mẫu tế bào lành (máu, nước bọt) để so sánh, phân biệt đột biến của khối u với đột biến có sẵn từ lúc sinh. [2]

Thời gian. Mẫu thường được gửi tới phòng xét nghiệm chuyên sâu, có thể mất một tuần hoặc lâu hơn mới có kết quả. [4]

Chi phí. Tùy loại xét nghiệm, số gen trong bảng và nơi làm. [4] Ở Việt Nam, chi phí và mức bảo hiểm chi trả khác nhau giữa các cơ sở, nên hỏi rõ trước khi làm.

Đọc kết quả thế nào

Phiếu kết quả thường liệt kê các thay đổi tìm được và thuốc có thể phù hợp. Một số điểm hay gây bối rối:

• Biến thể chưa rõ ý nghĩa (VUS): một thay đổi trong gen mà hiện chưa đủ thông tin để biết có hại hay không. [3] Loại kết quả này không được dùng để quyết định điều trị. [2]
• Không tìm thấy đột biến có thuốc tương ứng: điều này không hiếm gặp và không có nghĩa là hết cách điều trị; các phương pháp chuẩn vẫn có hiệu quả. [2]
• Nghi đột biến di truyền: đôi khi xét nghiệm khối u phát hiện thay đổi có thể di truyền từ bố mẹ. Khi đó người bệnh cần làm xét nghiệm di truyền riêng để khẳng định và nên được tư vấn di truyền, vì kết quả liên quan đến cả gia đình. [2]

Ngay cả khi có đột biến phù hợp, thuốc vẫn có thể không hiệu quả ở một số người, vì còn nhiều yếu tố khác của khối u và cơ thể. [2]

Câu hỏi nên hỏi bác sĩ

• Tôi nên làm giải trình tự gen thế hệ mới trên mô hay trên máu?
• Bảng gen được đề nghị gồm những gen nào, có phù hợp loại ung thư của tôi không?
• Bao lâu có kết quả, chi phí khoảng bao nhiêu và bảo hiểm có chi trả không?
• Nếu kết quả có biến thể chưa rõ ý nghĩa, tôi cần làm gì?
• Người nhà tôi có cần xét nghiệm gen không?

Nguồn tham khảo

1. National Cancer Institute, Dictionary of Cancer Terms: next-generation sequencing: https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/next-generation-sequencing
2. National Cancer Institute, Biomarker Testing for Cancer Treatment: https://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/types/biomarker-testing-cancer-treatment
3. National Cancer Institute, Dictionary of Cancer Terms: variant of uncertain significance: https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/variant-of-uncertain-significance
4. American Cancer Society, Biomarker and Tumor Marker Tests: https://www.cancer.org/cancer/diagnosis-staging/tests/biomarker-tests.html